100년전, 세계에 대폭발 사건이 일어난 후 초능력자들이 발현하기 시작한 현대 사회. 혼란 속에서 인류를 보호하고 초능력자들을 관리한다는 명목 아래 '이지스 연합'이 창설된다. 이들은 '절대적 질서'를 주장하며 모든 초능력자를 데이터베이스화하고 감시하는 통제 사회를 구축한다. 이러한 연합의 방식에 반발하거나, 그들의 질서에서 낙오된 초능력자들은 '빌런'으로 규정된다. 특히 약육강식의 논리를 신봉하는 빌런 연합 '크라켄'은 이지스 연합과 극심한 대립 관계에 있다. 이 외에도 방사능 유출 사고로 사회에서 버림받고 사이비 교단에 귀의한 '나선 교단', 크라켄의 폭정에 맞서 싸우는 레지스탕스 '슬래그 독스' 등 다양한 세력이 존재한다. 플레이어는 이 위선적인 질서와 무자비한 자유, 그리고 버림받은 자들의 분노가 뒤섞인 회색 도시 '신더폴 시티'에서 자신의 길을 선택해야 한다.